Eine rhythmische Expression von Uhrengenen findet in den Zellen zahlreicher Organe und Gewebe im ganzen Körper statt, die als „periphere Uhren“ bezeichnet werden. Periphere Uhren werden durch eine Vielzahl von Faktoren gesteuert, von denen viele direkt oder indirekt von der durch Licht steuerbaren Uhr im suprachiasmatischen Kern des Hypothalamus kontrolliert werden. Periphere Uhren kommen im Magen-Darm-Trakt vor, insbesondere in den Epithelien, deren Funktionen die Regulierung der Absorption, Permeabilität und Sekretion von Hormonen umfassen, sowie im Plexus myentericus, dem intrinsischen neuronalen Netz, das hauptsächlich für die Koordination der Muskelaktivität im Darm verantwortlich ist. Diese Übersicht konzentriert sich auf die physiologischen zirkadianen Schwankungen der wichtigsten Kolonfunktionen und ihrer Antriebsmechanismen, einschließlich Kolonmotilität, Absorption, Hormonsekretion, Permeabilität und Schmerzsignalisierung. Pathophysiologische Zustände wie das Reizdarmsyndrom und die Colitis ulcerosa und ihre Wechselwirkungen mit der zirkadianen Rhythmik werden ebenfalls beschrieben. Schließlich wird das klassische zirkadiane Hormon Melatonin erörtert, das im Darm in größeren Mengen als in der Zirbeldrüse exprimiert wird und dessen exogene Verwendung bei der Behandlung pathophysiologischer Zustände des Dickdarms von therapeutischem Interesse ist, einschließlich solcher, die durch chronische Störungen des zirkadianen Rhythmus verschlimmert werden.