La melatonina è un’indolamina pineale, presumibilmente nota come regolatore del ritmo circadiano e molecola antiossidante e immunomodulante. In studi sperimentali e clinici, la melatonina ha dimostrato di avere effetti positivi in varie patologie, come modulatore di importanti vie biochimiche tra cui l’infiammazione, lo stress ossidativo, le lesioni cellulari, l’apoptosi e il metabolismo energetico. L’intestino rappresenta una delle fonti extra-pineali più abbondanti di melatonina, con una concentrazione 400 volte superiore a quella della ghiandola pineale. L’importanza della comunità microbica intestinale – il cosiddetto microbiota intestinale – in molteplici funzioni critiche dell’organismo è stata ampiamente studiata nel corso del tempo e il suo squilibrio è stato associato a una varietà di patologie umane. Studi recenti evidenziano un possibile ruolo di modulazione del microbiota intestinale da parte della melatonina, con possibili implicazioni per il trattamento di queste patologie. Di conseguenza, la melatonina potrebbe rivelarsi un agente terapeutico prezioso e versatile, dal momento che è ben nota la sua capacità di suscitare funzioni positive sul microbiota in molte condizioni associate alla disbiosi, come le malattie infiammatorie intestinali, la disbiosi indotta dalla cronodistruzione, l’obesità e i disturbi neuropsichiatrici. Questa rassegna intende porre le basi per una comprensione più approfondita della melatonina, del microbiota intestinale e delle sottili interazioni tra ospite e salute.