La vía serotoninérgica puede influir en la patogénesis y la evolución de las enfermedades inflamatorias intestinales (EII). El objetivo de este estudio era investigar la relación entre la 5-HT, el transportador de serotonina (SERT) y el curso clínico de la enfermedad con la aparición de trastornos del sueño y del estado de ánimo. Los participantes completaron cuestionarios sobre el sueño y el Inventario de Depresión de Beck (BDI). Se cuantificaron los niveles séricos de 5-HT, la expresión proteica del SERT y el ARNm. Además, se examinó a los pacientes tratados con terapia anti-TNF antes y después del tratamiento. En este estudio se incluyeron 77 pacientes con EII y 41 controles sanos (CS), 24 de los cuales fueron tratados con terapia anti-TNF. Los pacientes con EII presentaban mayores niveles de 5-HT y expresión proteica de SERT que los HC, pero no niveles de ARNm de SERT (p = 0,015, p = 0,001, p = 0,069, respectivamente). Se obtuvieron resultados similares para los pacientes en el estado activo de la enfermedad en comparación con el estado no activo. Se observó una relación positiva entre la gravedad del insomnio y la expresión de la proteína SERT. El BDI no se correlacionó con la serotonina ni con la SERT. Tras la terapia anti-TNF, sólo disminuyeron los niveles de 5-HT. La 5-HT y la proteína SERT están sobreexpresadas en la EII activa y pueden representar un candidato a nuevos biomarcadores de la actividad de la enfermedad. La correlación entre el nivel de proteína SERT y la gravedad de los síntomas de insomnio podría estar entre los factores bioquímicos subyacentes de las alteraciones del sueño. El tratamiento anti-TNF podría contribuir a la reducción de los niveles de 5-HT.