L’espressione ritmica dei geni orologio si verifica all’interno delle cellule di molteplici organi e tessuti in tutto il corpo, definiti “orologi periferici”. Gli orologi periferici sono soggetti a trascinamento da parte di una moltitudine di fattori, molti dei quali sono controllati direttamente o indirettamente dall’orologio che si regola con la luce, situato nel nucleo soprachiasmatico dell’ipotalamo. Gli orologi periferici sono presenti nel tratto gastrointestinale, in particolare negli epiteli, le cui funzioni comprendono la regolazione dell’assorbimento, della permeabilità e della secrezione di ormoni, e nel plesso mienterico, che è la rete neurale intrinseca principalmente responsabile del coordinamento dell’attività muscolare nell’intestino. Questa rassegna si concentra sulla variazione circadiana fisiologica delle principali funzioni del colon e sui loro meccanismi di regolazione, tra cui la motilità del colon, l’assorbimento, la secrezione ormonale, la permeabilità e la segnalazione del dolore. Vengono inoltre descritti stati fisiopatologici come la sindrome dell’intestino irritabile e la colite ulcerosa e le loro interazioni con la ritmicità circadiana. Infine, viene discusso l’ormone circadiano classico, la melatonina, che è espressa nell’intestino in quantità maggiori rispetto alla ghiandola pineale e il cui uso esogeno è stato di interesse terapeutico nel trattamento degli stati fisiopatologici del colon, compresi quelli esacerbati dall’interruzione cronica del ritmo circadiano.