L’expression rythmique des gènes de l’horloge se produit dans les cellules de multiples organes et tissus de l’organisme, appelés « horloges périphériques ». Les horloges périphériques sont soumises à l’entraînement d’une multitude de facteurs, dont beaucoup sont directement ou indirectement contrôlés par l’horloge lumineuse située dans le noyau suprachiasmatique de l’hypothalamus. Des horloges périphériques sont présentes dans le tractus gastro-intestinal, notamment dans les épithéliums dont les fonctions comprennent la régulation de l’absorption, de la perméabilité et de la sécrétion d’hormones, ainsi que dans le plexus myentérique, qui est le réseau neuronal intrinsèque principalement responsable de la coordination de l’activité musculaire dans l’intestin. Cette étude se concentre sur la variation physiologique circadienne des principales fonctions coliques et de leurs mécanismes d’entraînement, y compris la motilité colique, l’absorption, la sécrétion d’hormones, la perméabilité et la signalisation de la douleur. Les états physiopathologiques tels que le syndrome du côlon irritable et la colite ulcéreuse et leurs interactions avec la rythmicité circadienne sont également décrits. Enfin, la mélatonine, hormone circadienne classique, est abordée. Elle est exprimée dans l’intestin en plus grande quantité que dans la glande pinéale et son utilisation exogène présente un intérêt thérapeutique dans le traitement des états pathophysiologiques coliques, y compris ceux exacerbés par une perturbation chronique du rythme circadien.