La expresión rítmica de los genes del reloj se produce en las células de múltiples órganos y tejidos de todo el cuerpo, denominados «relojes periféricos». Los relojes periféricos están sujetos a una multitud de factores, muchos de los cuales están controlados directa o indirectamente por el reloj de luz situado en el núcleo supraquiasmático del hipotálamo. Los relojes periféricos se encuentran en el tracto gastrointestinal, sobre todo en los epitelios cuyas funciones incluyen la regulación de la absorción, la permeabilidad y la secreción de hormonas; y en el plexo mientérico, que es la red neural intrínseca principalmente responsable de la coordinación de la actividad muscular en el intestino. Esta revisión se centra en la variación fisiológica circadiana de las principales funciones colónicas y sus mecanismos de arrastre, como la motilidad colónica, la absorción, la secreción hormonal, la permeabilidad y la señalización del dolor. También se describen estados fisiopatológicos como el síndrome del intestino irritable y la colitis ulcerosa y sus interacciones con la ritmicidad circadiana. Por último, se analiza la clásica hormona circadiana melatonina, que se expresa en el intestino en mayor cantidad que la glándula pineal, y cuyo uso exógeno ha resultado de interés terapéutico para tratar estados fisiopatológicos colónicos, incluidos los exacerbados por la alteración circadiana crónica.